デジタル鉱物図鑑 Ver5.06を公開しました

Category: 鉱物結晶図鑑  

先ほど,デジタル鉱物図鑑(Ver5.06)を公開しました.
色々と改善していますので,お試しください.
なお,既に旧Verをインストール済みの方は,実行ファイルだけ上書きして下さい.
また,公開期限を1年延長し,2016/12/31としました.


次は,Androidアプリの方を少し更新したいと思っていますが,
WebUpの方法がかなり変更されていまして,ただいま手探り状態です.

こちらも近日中にはWebUpしたいと思っています.



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 2014_01_19

Comments

孔雀石の結晶図で 

 デジタル鉱物図鑑、使わせていただいてます。

 最近なって気づきましたが、孔雀石の結晶を表示して動かして遊んでいた時、ヘンだなと思っていたら、陰線処理が完全ではないようで。

 また、その展開図を示してみると、結晶図とは異なるようで。展開図は単晶、結晶図は双晶なんですよね。

 私が普段使っているのはver4.02なのですが、v5.06でも同様でしたが。
massan  URL   2014-02-08 12:34  

Re: 孔雀石の結晶図で 

massan様

双晶の描画は,陰線処理など不完全なところがあります.
これは,当分このままです.

展開図については,単晶部分のみの展開になります.
接触双晶については2つ印刷して,片方を逆向きに折って
接続すれば良いはずです.
貫入双晶については,今のところお手上げです.

基本は単晶のツールなので,双晶については可能な範囲内で
楽しんで頂ければ有り難いです.

WG管理人  URL   2014-02-08 13:22  

元分析屋の戸惑い 

 私の機械がおかしいのかと何度も思ってしまって。やっぱり、双晶だか
ら難しかったんですね。安心しました。

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 ついでに教えてください。

 しばしば、検索条件2の元素を指定して検索していますが、その場合ですが。

 検索指定は、各元素で「検索指定しない」「検索指定する」「存在しない場合ヒット」
の3指定が出来るようになっているようですが、これは順に「灰色」、「橙色」、
「マーク付き灰色」に対応していると思うのですが。

 最初は、私はこれは以下のように解釈していたのですが、どうも違うようなので。
「検索指定しない」は「含まれない(仮にAと)」
「検索指定する」は「必ず含む(仮にBと)」  
「存在しない場合ヒット」は「含んでも含まなくても構わない(仮にCと)」 

 私は分析の仕事を長年やってきましたが、分析の際に元素を指定して化合物を
見つけようとする場合が多かったのですが、その際には、(A)はnot、(B)はand、
(C)はorとして検索していました。それが分析関連では普通なので。

 デジタル図鑑では、「検索指定しない」は(A)とは違うようで。また、(C)は
どのように指定いるのかわからず終いで。マーク付き灰色に指定の元素がXなら
「X以外の元素を含む」なのでしょうか?
------------
具体例では
 Cu,Oを「検索指定する」で検索すると、デジタル鉱物図鑑では100以上の鉱物が
検索されてきます。私の手元にあるXRDソフトでは、Cu,Oだけを含む12個のICDD
カードが選ばれ、いずれもCu and Oの元素しか含まない化合物が検索されてきます。

 また、Cu,C,O,Hを「検索指定する」で指定するとCu and C and O and H と指
定したつもりでしたが、検索結果には、13種の鉱物が検索されてきます。私は有
機物系化合物を除けば孔雀石と藍銅鉱だけかと思ったのですが。手元のX線回折
(XRD)のソフトでは、有機物を含む物を除けば、孔雀石と藍銅鉱だけが検索され
てきます。

 さらにCu,C,O,Hを「検索指定する」の指定に加えて、Sに「存在しない場合ヒット」
を加えるとSを含む鉱物が除かれて、11種の鉱物になるので、「この元素を含まないもの
全てをヒットする」になっているのかと。

 ちなみにデジタル鉱物図鑑では、Cu,S,O,Hを「検索指定する」では、30の
化合物が検索されてきます。が、手元にあるXRDソフトでは、最初から(A)が
効いているので、Cu,S,O,Hを選択するとこの四つの元素だけを含む8種類の
鉱物のICDDカードが選択されてきます。
------------
 などといろいろいじってきて何となく、以下のようになっていると推定して
いますが、間違っているでしょうか?この設定は、元分析屋としては非常に戸
惑う設定で、(A)が効いていないのでヒット率が悪くなっているなと思います。

「検索指定しない」は 何も機能していない。というよりも「含む」。
「検索指定する」は 「指定した元素を含む鉱物全て」
「存在しない場合ヒット」は「これを指定した元素を含まない鉱物全て」
-----------------
 いつも長い文章ですみません。
massan  URL   2014-02-09 18:56  

 

massan 様

ご質問有難うございます.
結論から申しますと,検索数が合わないのは,使っている元データの違いによると思います.
私は,そちらのXRDソフトというのは知らないのですが,デジタル鉱物図鑑の鉱物データは
IMAの鉱物リストとENCYCLOPEDIA OF MINERALS Second Editionのデータを
基本にしています.特に化学式は,IMAのリストをそのまま入れていますので,
「IMA登録のみ」をチェックすると正確だと思います.

なお,検索指定につきましては,以下の通りです.(修正しました)
 「灰色」は,検索条件とは無関係です
 「橙色」は,存在する鉱物を検索
 「マーク付き灰色」は,存在しない鉱物を検索
組み合わせた場合は,デフォルトはANDですが,右下のラジオボタンで
ORにできます.(混在は,できません)

最終的な検索条件は,詳細検索タブを見て頂けるとSQL文が見れますので
それで類推可能です.上記のA,B,Cは以下になります.(ここも修正)
 「灰色」は,SQL文に出てきません
 「橙色」は,[元素_H] 等ででます
 「マーク付き灰色」は, (not [元素_H]) 等ででます
これから判ると思いますが,私のデータベースでは,化学式が有る全ての鉱物に
対して,各元素の存在・非存在をBooleanで記憶しています.(高速化の為)

ちなみに,化学式欄にH2Oと入れると,SQL文には ( [化学式] Like '*H2O*' )
がでます.
なお,SQL文を編集すると,ANDとORの混在などもできます.
色々な条件を入れてSQL文を見て頂ければ,だいたいの勘どころが判る
と思います.ただし,1回SQL編集すると,クリアするまで,そのSQLを
記憶するので注意してください.

WG管理人  URL   2014-02-09 19:59  

検索は、 

 回答ありがとうございます。

 いくつか私の説明不足があるので勘違いされている点もあるようなの
でその点もいくつか説明させてください。かなり長文ですが。m(__)m

 実を言うと、化学式での検索はほとんど使っていません。化学式を
覚えていることが少ないからで、あやふやな状態で元素を指定して検索
することが多いのです。

 その元素による検索についてですが。

 まずは、私の手元にあるXRDソフトですが。検索はbooleanを使ってい
ます。ソフトは、ICDDデータ(国際的にX線回折のデータをまとめている
機関によって作られているデータ、XRDを作った会社とは別機関)にアク
セスして検索をしています。

 XRDソフトでは、検索の際に「最初に全ての元素について、notを付け
て」います。言い換えると「灰色=notにする」になっています。これは
多数のデータからヒット率を上げるために必要なことなのでXRDに限らず、
多くの分析ソフトではこの設定を使用しています。

 分析の際に、元素指定で検索する際にヒット率を上げることは一番重
要な事ですから、検索時間は二の次になっています。実際に、検索して
数秒もかかることはありませんので。

 手元にあるXRDソフトでは、最初からnotが効いているので、Cu,S,O,H
を選択すると、ICDDデータは一つの化合物について複数のデータがあり
ますから、検索結果としては、32データが表示されてきました。種類と
しては、8種類の鉱物のICDDカードが選択されてきます。私はICDDの2004
年版を使っていますので。

 XRDソフトでは、この後にピーク位置や強度が合っているかなどを手動
で確認していく作業があります。XRDソフトには、ピーク位置や強度から
化合物を検索する機能がある物がありますが、それでも最後は手動で確
認していますね。これにはかなり時間を要します。これは全ての分析で
同様です。

 ですから、分析の際には、ヒット率の悪いのは致命的なのです。検索
後のゴミの多いデータの中から一つ一つ手動で確認することになるので、
その作業時間は、ソフトでの検索時間と比較するとはるかに膨大な時間
になりますので。

 私が経験してきた多くの分析ソフトの中には、最初は「or」設定にな
っているので、ボタン一つで「全ての元素について「not」に切り換える」
機能を持つソフトもあります。これはヒット率を上げるためだと思ってい
ます。
----------
 デジタル鉱物図鑑の検索をいろいろ試みて、検索条件の設定を把握し
てきましたので設定の仕方がわかってきました。それでも、or設定では、
ヒット率が悪い、含まれている元素がわかっているのに、目的の鉱物に
達するまでに時間がかかるなあと感じます。使用の際に化学式がわかっ
ていればいいのですが、わかっている、覚えていると言うことは非常に
少なく、化学式は使えないのがいけないのですが。

 あと、デジタル鉱物図鑑での元素検索設定で、野呂さんは、以下の機
能を勘違いされているのではないかと思います。これは「「最初から
「or」の検索する」という設定にしている」ことと同じです。なぜなら
最初から全ての鉱物を対象にしている事と一致するからです。

 ***「灰色」は,検索条件とは無関係です ***

 同様に、設定は以下のようになっています。
 ***「橙色」は,指定した元素を含む鉱物を全て検索
 ***「マーク付き灰色」は,指定した元素を含まない鉱物を全て検索

 すみませんが、野呂さんの修正した文章でも、最初は???となって
しまいました。(^^;
----------
 具体例として、燐灰石を上げておきます。燐灰石には、F,Cl,OHを各々
含む鉱物が知られています。デジタル鉱物図鑑では、化学式がわかって
いて、それぞれ入れれば検索できます。これは入力が面倒なので、私は
元素指定の方を使いました。(実はこっちの方も面倒ですが、クリックだ
けで済み、普段元素指定で使っているので)

 以下のように設定すると、3鉱物のみが検索されてきます。
 *「灰色」には、H,F,Clを (orに設定された)
 *「橙色」には、Ca,P,Oを (andに設定された)
 *「マーク付き灰色」には、残りの元素全てを (notに設定された)

 これであると、燐灰石としてはヒット率100%(実は75%らしい?)、検索
時間は手元にあるXRDソフトよりほんの少し遅いけれど、少しもストレス
なく表示されました。ただし、「マーク付き灰色」に残りの元素を指定する
のが面倒でしたが。

 ちなみに以下のようにすると、1鉱物のみでした。燐灰石なんですが、
上のことを知っていると物足りない。ヒット率が悪い。
 *「橙色」には、Ca,P,O,H,F,Clを
 *「灰色」には、残りの元素を

 手元のXRDソフトでは、検索時間が1秒ほどかかり、検索されたICDD
カードは99枚です。ちなみに検索データをinorganic+mineralから。
mineral(17744カード)だけにすると検索時間はあまり変わった感じがし
ませんが、74のカードが検索されてきます。ただし鉱物の種類としては
10種類ほどです。合成鉱物のデータを除くと15枚のカードが、5種類の
化合物(Fluorapatite,Chlorapatite,Hydroxlapatite,Monetite,
Brushite)になります。

 同じ条件で検索した結果の違いは、ICDDのデータの中のmineralの
方がIMAのminralデータよりも大きいので、ほとんど一致した結果であ
ると判断してもいいと思います。
----------
 ちなみに、別な物について、以下のようにすると、結果はXRDソフトと
類似した結果になってきます。この結果の違いも、データベースの違い
はありますが、結果はほぼ一致しています。
 *「橙色」には、Cu,S,Oを
 *「灰色」には、Hを
 *「マーク付き灰色」には、残りの元素全てを
---------
 ついでに緑閃石についても同様に行なってみました。
 *「灰色」には、Mg,Feを (orに設定した)
 *「橙色」には、Ca,Si,O,Hを (andに設定した)
 *「マーク付き灰色」には、残りの元素全てを (notに設定した)
結果は、「入力したSQLに誤りがあります。複雑すぎます。」でした。(;_;)

 この場合は、素直に以下のようにするのがいいようで、11種類が
検索されてきますね。
 *「橙色」には、Ca,Mg,Fe,Si,O,Hを
 *「灰色」には、残りの元素を

 手元のXRDソフトでは、以下のように設定して、検索時間が1秒ほどか
かり、ヒット率は低い(ICDDカードは105枚)のですが、actinoliteはキチ
ンと含まれていました。ちなみに検索データをinorganic+mineralから、
mineralだけにすると検索時間はあまり変わった感じがしませんが、74の
カードが検索されてきます。種類としては、34種でしたが。
 * andに Ca,Si,O,Hを
 * orに  Mg,Fe
 * notに 上の元素を除いた残りの元素全て

 ちなみにXRDソフトで、andにCa,Si,O,H,Mg,Feを、残りの元素をnot指
定した検索では、14万ほどのカードから、瞬間に、3カードで2種
(Tremolite,Actinolite)の結果でした。
----------
 以上のようにいろいろ触って設定などをある程度理解したのですが、
教えていただいた「右下のラジオボタン」についてだけは、いまもって
その意味と機能、作用が全く理解できていません。元素指定の際の条件
に含まれているのではないかと思えますが。すみません。
----------
 まとめると以下のようなことが言えると思います。
1.デジタル鉱物図鑑(X)で、元素全てにnotに設定してから(橙色指定だけ)の
 検索条件を設定した場合と初期のor状態のまま(notの元素の指定がさ
 れない、橙色指定だけ)の検索条件で検索した場合では、検索時間に大きな
 差はないが、ヒット率は後者の方が悪い。
2.XRDソフト(Y)とデジタル鉱物図鑑(X)の2つにおいて、元素指定の検索では、
 同じ検索条件設定が出来き、同様の検索を行っており、同じような結果になる。
3.上の同じ検索条件設定のときに、Yでは機能に制限がある。
4.上の同じ検索条件設定の時、検索できる場合には、同じデータベース
  について検索できるなら、検索時間、ヒット率は、XとYでは同じである。
----------
 推測を含めて、いろいろと勝手なことを、また長々と書いてしまって
本当にすみません。調査、検討していただけると幸いです。
massan  URL   2014-02-10 19:02  

気がついたことで 

追加のコメントですが。前回に続いてですが。

 全ての元素を「マーク付き灰色」にすることが一度に出来ることに、今頃になって
気づきました。どうも失礼しました。このボタンに早く気づくべきでした。わかっては
いたのですが、使わないでいました。

 また、緑閃石の検索ですが、以下のようにするとヒット率は著しく改善される
こともわかりました。
 *「灰色」には、希ガスを 
 *「橙色」には、Ca,Si,O,H,Mg,Feを 
 *「マーク付き灰色」には、残りの元素全てを 

 一日、ソフトをいじって検索をして遊んでいて、ソフトの作りでよく考えられて
いるなあとつくづく思いました。感謝感謝だと思った一日でした。御礼!&いろいろ
失礼してしまってすみません。

massan  URL   2014-02-11 02:54  

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